การตรวจวินิจฉัยเชื้อราทางห้องปฏิบัติการ ประกอบไปด้วย
     วิธีการ ดังต่อไปนี้
   1. การตรวจโดยตรงทางกล้องจุลทรรศน์
       (Direct microscopical examination )
       เป็นวิธีการ เบื้องต้นที่สำคัญ ให้ผลรวดเร็ว รายงานผลเบื้องต้น
      ให้ทราบก่อน

   2. การเพาะเชื้อ
      ขึ้นอยู่กับชนิดของเชื้อราที่สงสัย ชนิดของวัตถุตัวอย่าง
      ตำแหน่งที่เก็บตัวอย่างและขึ้นกับชนิดของเชื้อราที่มีอยู่
      ในแต่ละท้องถิ่น

          3. การตรวจวินิจฉัยโรคติดเชื้อราด้วยวิธีทางภูมิคุ้มกันวิทยา
              ทำได้หลายวิธีโดยเฉพาะในผู้ป่วยที่ภูมิคุ้มกันปกติ
              แต่ผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มบก จะไม่สามารถตรวจวินิจฉัยด้วยวิธีนี้ได้

          4. การตรวจวินิจฉัยโรคติดเชื้อราด้วยการตรวจชิ้นเนื้อ
              (Histopathology) เป็นการตรวจดูรูปร่างลักษณะของเชื้อรา
              ใน tissue ของผู้ แล้วทำการย้อมด้วยวิธีต่างๆ
              จึงนำมาส่องด้วยกล้องจุลทรรศ์