ในกระบวนการผลิตบูดูนั้นปลากะตักเป็นวัตถุดิบที่สำคัญ จากการสอบถามผู้ผลิตบูดูพบว่าสามารถใช้ปลาชนิดอื่นได้ แต่รสชาติและ กลิ่นของบูดูไม่เป็นที่นิยมของผู้บริโภค ทำให้ไม่ค่อยมีผู้ผลิตบูดูเพื่อจำหน่ายใช้ปลาชนิดอื่นนอกจากปลากะตัก ซึ่งพบว่าการหมักปลาที่มีไขมันสูงจะทำให้ได้บูดูมีคุณภาพดี จากตารางการวิเคราะห์องค์ประกอบของปลาจะเห็นได้ว่าปลากะตักเป็นปลาที่มีไขมันสูง

ตารางแสดงองค์ประกอบทางเคมีของปลาโดยเฉลี่ย (คิดเป็นเปอร์เซ็นต์)

ชนิดปลา	ความชื้น	โปรตีน	ไขมัน
ปลาทู(1)	73.3-79.3	16.6-21.4	0.5-4.1
ปลาแชลั้น (1)	75.3-76.0	17.7-21.0	1.9-4.6
ปลาหลังเขียว (2)	52.5-67.5	11.3-18.0	13-36
ปลากะตัก (2)	52.5-67.5	11.3-18.0	13-36
ปลาทูแขก (1)	74.19	21.90	3.93
ปลาแดง (2)	79.10	18.90	1.2

ที่มา : (1) Clucas (1981) อ้างโดย พงษ์เทพ เกิดเนตร (2533)
       (2) Stansby (1962) อ้างโดย พงษ์เทพ เกิดเนตร (2533)
ในกระบวนการหมักบูดูนั้นตลอดระยะเวลา 8-12 เดือนนั้นมีกระบวนการทางวิทยาศาสตร์เกิดขึ้นอย่างมากมาย เช่น กระบวนการออสโมซิส กระบวนการย่อยโปรตีน กระบวนการย่อยไขมัน การบวนการเปลี่ยนแปลงทางจุลชีววิทยา เป็นต้น คณะผู้จัดทำได้จัดหมวดหมู่กระบวนการต่างๆ อย่างเป็นสัดส่วนเพื่อช่วยให้เนื้อหาง่ายต่อการเข้าใจมากยิ่งขึ้น ซึ่งกระบวนต่างๆ เหล่านี้เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง และควบคู่กันไป นอกจากนี้ยังได้รวบรวมความรู้ทางวิทยาศาตร์ที่เกี่ยวข้อง เช่น ไขมัน โปรตีน เอนไซม์ กระบวนการออสโมซิส การเปลี่ยนแปลงทางชีวเคมีเมื่อปลาตาย บัพเฟอร์ เพื่อช่วยให้ผู้อ่านเข้าใจยิ่งขึ้น

     ไขมัน                                                                          การเปลี่ยนแปลงทางชีวเคมีเมื่อปลาตาย

  บัพเฟอร์                                                                      กระบวนการเกิดสี และกลิ่นของบูดู

   กระบวนการออสโมซิส                                                   การเปลี่ยนแปลงทางจุลชีววิทยา

        การเปลี่ยนแปลงทางกายภาพ                                           เอนไซม์

    การนำความรู้ทางวิทยาศาสตร์มาประยุกต์ในการผลิตบูดู       โปรตีน