โปรตีนเป็นสารอินทรีย์ที่มีอยู่มากที่สุดในตัวปลาประกอบด้วยไมโอไฟบริน (myofibrin) 65-75 เปอร์เซ็นต์ โกลบูลิน (globulin) 8-22 เปอร์เซ็นต์ ไมโอเจน (myogen) 10-20 เปอร์เซ็นต์ และสโตรมาโปรตีน (stroma protien) 3-10 เปอร์เซ็นต์ โปรตีนจะถูกย่อยสลายทันทีที่ปลาตายโดยเอนไซม์ต่างๆ จากตัวปลาทั้งที่มีอยู่ในส่วนที่เป็นเนื้อปลา กระเพาะอาหาร ลำไส้ หรือจากจุลินทรีย์ การย่อยสลายนี้บางทีถูกเรียกว่า การย่อยสลายตัวเอง (Autolysis) โปรตีนซึ่งเป็นโมเลกุลใหญ่จะถูกย่อยให้เป็นสารประกอบที่มีโมเลกุลเล็ก เช่น เพปไทด์และกรดอะมิโน ซึ่งกรดอะมิโนจะถูกย่อยสลายต่อเป็นเอมีน กรดคีโต แอนโมเนียและคาร์บอนไดออกไซด์ โดยกระบวนการ transmination และ oxidative deamination
ปลามีเอนไซม์ย่อยโปรตีนหลายชนิดกระจายอยู่ทั่วตัว ดังตารางแสดงเอนไซม์ในกระบวนการย่อยสลายโปรตีนของปลา เอนไซม์ที่มีประสิทธิภาพในการย่อยดีที่สุดคือเอนไซม์ในเครื่องในและทางเดินอาหาร ได้แก่ ทริปซิน (trypsin) ไคโมทริปซิน (chymotrypsin) เปปซิน (pepsin) นอกจากนี้ยังตรวจพบจุลินทรีย์กลุ่ม Micrococcus, Staphylococcus และ Bacillus ด้วย ซึ่งจุลินทรีย์กลุ่มนี้มีความสามารถสร้างโปรติเอสเช่นกัน เอนไซม์แต่ละชนิดที่ย่อยโปรตีนจะมีบทบาทมากน้อยเพียงไรนั้นขึ้นกับความเป็นกรด-เบส อุณหภูมิ ความเข้มข้นของเกลือ เช่น ที่ความเป็นกรด-เบสเป็นกลาง ทริปซินจะมีบทบาทมาก ถ้าความเป็นกรด-เบสต่ำกว่า 5.5 เปปซินจะมีบทบาทมาก ถ้าความเข้มข้นของเกลือสูงกว่าร้อยละ 5 เปปซินจะถูกยับยั้งการทำงาน และสภาวะที่มีเกลือความเข้มข้นร้อยละ 15 เอนไซม์ย่อยโปรตีนจากเครื่องในปลายังมีกิจกรรมอยู่ แต่เอนไซม์จากเนื้อเยื่อคือ คาเทปซิน (cathepsin) จะถูกยับยั้ง

ตารางแสดงเอนไซม์ในกระบวนการย่อยสลายโปรตีนของปลา

เอนไซม์	อุณหภูมิในการทำงาน (องศาเซลเซียส)
Cathepsin	37
Peptidase	40
Transminase	37
Amino acid decarboxylase (16 different amino acid)	40
Glutamate dehydrogenase	25
Asparagenase	37
Glutaminase I (+phosphatase)	37
Glataminase II (+pyruvate)	37
Mono amino oxidase (dopamine, tyramine, histamine)	37
D-amino acid oxidase	37

ที่มา : Siebert และ Schmitt (1965) อ้งโดย วรรณา ชูฤทธิ์ และคณะ (2541)

จากการทดลองหมักบูดูในห้องปฏิบัติการโดย Beddow และคณะ (1979) ได้แบ่งระยะการหมักบูดูออกเป็น 3 ช่วงตามระยะเวลาการย่อยโปรตีน คือ
ช่วงที่ 1 ในระยะ 25 วันแรกของการหมัก เกลือจะดึงน้ำออกจากเนื้อเยื่อของปลาทำให้ได้น้ำเกลือ ส่วนใหญ่ระยะนี้เกิดกระบวนการออสโมซิส
ช่วงที่ 2 ระหว่างวันที่ 80-100 วันของการหมัก จะเป็นช่วงการย่อยโปรตีนจากกล้ามเนื้อปลา ทำให้ได้ของเหลวที่มีโปรตีนสูงและเนื้อเยื่อปลาจะถูกย่อยเกือบหมด ภายใน 120-140 วันของการหมัก
ช่วงที่ 3 ระหว่างวันที่ 140-200 วันเป็นช่วงที่ปริมาณสารประกอบไนโตรเจนที่ละลายได้มีปริมาณเพิ่มขึ้น

เกี่ยวกับโปรตีน

โปรตีนเป็นอินทรียสารโมเลกุลใหญ่ ประกอบด้วยหน่วยย่อยจำนวนมากมาต่อกัน แต่ละหน่วยย่อยของโปรตีน คือ กรดอะมิโน แต่ละโมเลกุลของกรดอะมิโนประกอบด้วยอะตอมของธาตุหลัก 4 ชนิดด้วยกัน คือ ไฮโดรเจน ออกซิเจน คาร์บอน และไนโตรเจน ส่วนอะตอมของธาตุอื่นๆ เช่น ฟอสฟอรัส กำมะถัน และเหล็ก ก็อาจจะมีอยู่บ้างในกรดอะมิโนบางชนิด

โครงสร้างกรดอะมิโนจะมีส่วนที่เหมือนกันอยู่ (ส่วนที่อยู่ในกรอบสี่เหลี่ยม) ซึ่งเป็นส่วนที่บ่งบอกว่าเป็นกรดอะมิโน และจะมีส่วนที่แตกต่างกัน (R) ซึ่งส่วนที่แตกต่างกันนี้ทำให้กรดอะมิโนแต่ละชนิดแตกต่างกัน

 

 

กรดอะมิโนที่พบทั่วไปในโปรตีนของแบตทีเรีย พืช และสัตว์มีประมาณ 20 ชนิด ร่างกายต้องการกรดอะมิโนเพื่อนำไปสร้างเป็นโปรตีนขึ้นมาใหม่ กรดอะมิโนที่ร่างกายต้องการและสังเคราะห์ขึ้นเองไม่ได้ต้องได้รับจากอาหารที่กินเข้าไป เรียกว่า กรดอะมิโนที่จำเป็น ส่วนกรดอะมิโนที่ร่างกายสังเคราะห์ขึ้นเองได้จากอาหารที่ได้รับเรียกว่า กรดอะมิโนที่ไม่จำเป็น

ตารางแสดงชนิดของกรดอะมิโนที่มีอยู่ในร่างกายของคน

ที่มา : U.S. Nationnal Research Council. National Academy of Science, Recommended dietary allownes (Washington, D.C., 1980) อ้างโดย หนังสือเรียน วิชาชีววิทยา ว๐๔๑, 2543 : 6.

ตารางแสดงชนิดและปริมาณกรดอะมิโนในบูดู

ชนิดกรดอะมิโน	ปริมาณกรดอะมิโน (มิลลิกรัมต่อมิลลิลิตร)
กรดกลูตามิก	1.78
อะลานีน	1.52
กรดแอสปาติก	1.10
ไลซีน	0.40
วาลีน	1.00
ลูซีน	1.64
ไกลซีน	0.44
ทรีโอนีน	0.70
โปรลีน	0.26
ไอโซลูซีน	0.98
ฟีนิลอะลานีน	0.00
ซีรีน	0.16
เมทไธโอนีน	0.48
ฮีสติดีน	1.66
ซิสเตอีน	0.42
ไทโรซีน	0.32
อาร์จินีน	0.00

ที่มา : Beddow และคณะ (1979) อ้างโดย พงษ์เทพ เกิดเนตร (2533)

โปรตีนประกอบด้วยกรดอะมิโนมารวมกัน ถ้ากรดอะมิโน 2 โมเลกุลมารวมกันเรียกว่า ไดเพปไทด์ (dipeptide) ถ้ากรดอะมิโน 3 โมเลกุลมารวมกันเรียกว่า ไตรเพปไทด์ (tripeptide) ถ้ามากกว่า 3 โมเลกุลมารวมกันเรียกว่า พอลิเพปไทด์ (polypeptide) โปรตีนประกอบด้วยพอลิเพปไทด์ 1 สาย หรือมากกว่า 1 สาย เช่น โมเลกุลของอินซูลินวัวประกอบด้วยพอลิเพปไทด์ 2 สาย ฮีโมโกลบินประกอบด้วยพอลิเพปไทด์ 4 สาย

ในสิ่งมีชีวิตมีโปรตีนหลายชนิด ร่างกายคนมีโปรตีนมากกว่า 100,000 ชนิด ทั้งๆ ที่มีหน่วยย่อย คือ กรดอะมิโนเพียง 20 กว่าชนิดเท่านั้น ทั้งนี้เพราะโปรตีนแต่ละชนิดต่างกันที่ชนิด จำนวน และลำดับของกรดอะมิโนที่มาประกอบกัน ความแตกต่างของโปรตีนนี้คือความสำคัญในแง่ของความจำเพาะเจาะจงของโปรตีนที่ทำหน้าต่างกันไป เช่น ฮีโมโกลบินทำหน้าที่นำออกซิเจน ส่วนฮอร์โมนอินซูลินทำหน้าที่ควบคุมปริมาณน้ำตาลในเลือด

     ไขมัน                                                                          การเปลี่ยนแปลงทางชีวเคมีเมื่อปลาตาย

  บัพเฟอร์                                                                      กระบวนการเกิดสี และกลิ่นของบูดู

   กระบวนการออสโมซิส                                                   การเปลี่ยนแปลงทางจุลชีววิทยา

        การเปลี่ยนแปลงทางกายภาพ                                           เอนไซม์

    การนำความรู้ทางวิทยาศาสตร์มาประยุกต์ในการผลิตบูดู       โปรตีน