การเปลี่ยนแปลงทางจุลชีววิทยาในการผลิตบูดู
จากรายงานการวิจัยของ ธนุสรา เหล่าเจริญสุข และคณะ (2533) ได้แบ่งแบคทีเรียที่เกี่ยวข้องกับการหมักบูดูเป็น 3 พวก คือ
1. แบคทีเรียที่ย่อยโปรตีน แบคทีเรียกลุ่มนี้สามารถสร้างเอนไซม์ออกมาย่อยโปรตีนให้เป็นกรดอะมิโนชนิดต่างๆ ได้แก่ Bacillus spp. และ Micrococcus spp.
2. แบคทีเรียที่ย่อยไขมัน แบคทีเรียหลายชนิดที่สามารถผลิตเอนไซม์ไลเปส (lipase) ย่อยอาหารพวกไขมัน และน้ำมันให้เป็นกรดไขมัน และกลีเซอ
รอล (glycerol) ลักษณะการย่อยไขมันอาจเป็นแบบไฮโดรไลซิส (hydrolysis) หรือออกซิเดชัน (Oxydation) แบคทีเรียเหล่านี้ ได้แก่ Lactobacillus spp. , Bacillus spp. และ Achromobacter spp.
3. แบคทีเรียที่สร้างกรดแลคติก แบคทีเรียในกลุ่มนี้มีความสำคัญกับอาหารหมักดองต่างๆ แบคทีเรียชนิดนี้จะสร้างกรดแลคติกลงไปในอาหาร ทำให้แบคทีเรียชนิดอื่นที่เป็นอันตรายต่ออาหารและคนเจริญไม่ได้ แบคทีเรียกลุ่มนี้ ได้แก่ Lactobacillus spp. และ Pediococcus spp.

ระหว่างการหมักบูดู ปริมาณแบคทีเรียจะเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วในวันที่ 3 ถึงวันที่ 10 ปริมาณแบคทีเรียที่เพิ่มขึ้นจะสัมพันธ์กับการเพิ่มขึ้นของกรดแลคติก ในขณะที่ค่าความเป็นกรด-ด่างจะลดลง การบรรจุปลาที่ผสมเกลือในบ่อบูดูจนแน่นทำให้มีอากาศน้อยเหมาะแก่การเจริญของแบคทีเรียที่สร้างกรดแลคติก ส่วนแบคทีเรียชนิดอื่นที่ต้องการอากาศ และแบคทีเรียที่ไม่ทนเกลือจะลดลง ในระยะแรกของการหมักช่วงวันที่ 3 ถึงวันที่ 10 แบคทีเรียที่มีบทบาท คือ แบคทีเรียชนิดที่ทนเกลือสูง และสร้างกรด ได้แก่ แบคทีเรีย Pediococcus halophilus มีประมาณ 40 เปอร์เซ็นต์ , แบคทีเรีย Staphylococcus spp. มีประมาณ 40 เปอร์เซ็นต์ ส่วนแบคทีเรีย Bacillus spp. และ coryneform มีเล็กน้อย เมื่อหมักบูดูเป็นระยะเวลา 60 วัน ปริมาณแบคทีเรียจะลดลงเรื่อยๆ โดยจะมีกรดแลคติกเกิดขึ้น 1.1 ถึง 1.3 เปอร์เซ็นต์ สภาพของอาหารหมักที่เป็นกรดจะไปทำลายแบคทีเรียชนิดที่ไม่ทนกรด ความเป็นกรดจะลดลงอย่างช้าๆ หรือคงที่ เนื่องจากกรดอะมิโนที่เกิดขึ้นในอาหารหมักจะทำหน้าที่เป็นบัพเฟอร์ได้อย่างดี น้ำบูดูที่มีอายุการหมัก 90 วันจะพบแบคทีเรีย Pediococcus halophilus ประมาณ 90 เปอร์เซ็นต์ และ coryneform ประมาณ 10 เปอร์เซ็นต์

แบคทีเรียที่พบในระยะแรกของการหมักอาจเป็นแบคทีเรียที่ติดมากับส่วนต่างๆ ของปลา ซึ่งปริมาณของแบคทีเรียที่ติดมากับปลานี้ไม่เท่ากันขึ้นกับความสดของปลา ขนาดปลา สภาพแวดล้อมที่ปลานั้นอยู่ ตลอดจนกระบวนการขนส่งจากท่าเรือจนถึงผู้ผลิตบูดู หรืออาจจะติดมากับเกลือที่ใช้หมัก ซึ่งจะส่งผลต่อคุณภาพของบูดู อย่างไรก็ตามในการหมักบูดูนั้น ความเข้มข้นของเกลือ ความเป็นกรด-เบส อุณภูมิ และปริมาณอาหารของแบคทีเรียจะมีบทบาทสำคัญกับจำนวนแบคทีเรียแต่ละชนิด ซึ่งแบคทีเรียที่ไม่สามารถทนสภาวะแวดล้อมในบ่อบูดูได้ก็จะตายลง แต่เอนไซม์ที่ถูกสร้างขึ้นก่อนหน้าที่แบคทีเรียนั้นตาย ก็ยังสามารถย่อยสลายได้ต่อไป ถ้าสภาวะแวดล้อมนั้นเอื้อต่อการทำงานของเอนไซม์

แบคทีเรียที่มีบทบาทในกระบวนการหมักบูดู
จากการศึกษาวิทยานิพนธ์เรื่อง "การศึกษาจุลชีววิทยาของอาหารหมักพื้นเมือง:บูดู" โดย นางสาวมาลี อมรทิพย์รัตน์ พ.ศ.2522 ซึ่งได้ศึกษาจำนวนแบคทีเรียที่แยกได้จากบูดู โดยการสุ่มบูดูจากแหล่วผลิตและตลาดจำนวน 35 ตัวอย่าง ซึ่งมีอายุการหมักแตกต่างกันตั้งแต่ 7 วัน ถึง 2 ปี ปรากฏผลดังนี้
1. แบคทีเรียที่มีบทบาทสำคัญในระยะ 7 วันแรกของการหมัก ได้แก่ แบคทีเรีย Staphylococcus aureus และ Staphylococcus epidermidis ซึ่งพบมากถึง 40 เปอร์เซ็นต์ของเชื้อทั้งหมด นอกจากนี้แบคทีเรีย Bacillus subtilis , Bacillus laterosporus และ coryneform bacteria พบรวมกันถึง 25 เปอร์เซ็นต์ของเชื้อทั้งหมด แบคทีเรียเหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการช่วยย่อยสลายโปรตีนของเนื้อปลา และจะเจริญได้ดีในอาหารที่ไม่มีเกลือ และการเจริญจะลดลงเรื่อย ๆ เมื่อความเข้มข้นของเกลือเพิ่มขึ้น
2. แบคทีเรียที่มีบทบาทสำคัญในระยะหลัง 7 วันแรกของการหมัก คือ แบคทีเรีย Pediococcus halophilus ซึ่งพบว่าจะมีปริมาณมากขึ้นเรื่อยๆ หลังจากหมักไปแล้ว 7 วัน จนกระทั่งบูดูที่หมักได้ที่จะมีปริมาณ 90 เปอร์เซ็นต์ของเชื้อทั้งหมด จึงมีแนวโน้มว่าเป็นแบคทีเรียทีมีบทบาทสำคัญในกระบวนการหมักเกี่ยวกับการสร้างกรดและกลิ่นรสในบูดู แบคทีเรียชนิดนี้เจริญไม่ได้ในอาหารที่ไม่มีเกลือ และการเจริญจะเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ เมื่ออาหารมีความเข้มข้นของเกลือเพิ่มขึ้น นอกจากนี้ผู้วิจัยได้ทดลองหมักบูดูโดยการเติมเชื้อแบคทีเรีย Pediococcus halophilus บริสุทธิ์เข้าช่วย พบว่าทำให้ได้บูดูที่มีกลิ่นหอมกว่าบูดูที่หมักตามธรรมชาติ จึงสรุปได้ว่าแบคทีเรีย Pediococcus halophilus เป็นแบคทีเรียที่มีบทบาทสำคัญในการสร้างกรดและกลิ่นที่ดีในกระบวนการหมักบูดู
3. แบคทีเรียที่พบในปริมาณเล็กน้อยในบูดู ได้แก่ แบคทีเรีย Proteus spp. , Micrococcus spp. และ sarcinae bacteria ซึ่งพบในระยะแรกของการหมัก จึงคาดว่าไม่มีความสำคัญในกระบวนการหมักบูดู ซึ่งแบคทีเรียเหล่านี้เจริญได้ดีในอาหารที่ไม่มีเกลือ และการเจริญจะลดลงเรื่อยๆ เมื่อความเข้มข้นของเกลือเพิ่มขึ้น

นอกจากนี้ในวิทยานิพนธ์ยังกล่าวอีกว่า แบคทีเรียทั้งหมดที่แยกได้สามารถเจริญได้ดีที่อุณหภูมิ 43 องศาเซลเซียส ซึ่งอุณหภูมิในบ่อบูดูที่ตั้งไว้กลางแจ้งในตอนกลางวัน ซึ่งมีค่าประมาณ 32-40 องศาเซลเซียส

     ไขมัน                                                                          การเปลี่ยนแปลงทางชีวเคมีเมื่อปลาตาย

  บัพเฟอร์                                                                      กระบวนการเกิดสี และกลิ่นของบูดู

   กระบวนการออสโมซิส                                                   การเปลี่ยนแปลงทางจุลชีววิทยา

        การเปลี่ยนแปลงทางกายภาพ                                           เอนไซม์

    การนำความรู้ทางวิทยาศาสตร์มาประยุกต์ในการผลิตบูดู       โปรตีน