จากการศึกษาค้นคว้าถึงที่มาของการผลิตบูดูนั้น ไม่พบหลักฐานที่อ้างถึงการผลิตบูดูเป็นลายลักษณ์อักษร แต่จากการสอบถามผู้ผลิตบูดูทั้งที่ผลิตเพื่อจำหน่าย และผลิตเพื่อบริโภคในครัวเรือน มักจะตอบเป็นเสียงเดียวกันว่า ได้รับการถ่ายทอดมาจากบรรพบุรุษ โดยในสมัยก่อนนั้นชาวอำเภอสายบุรี มีอาชีพประมงเป็นส่วนใหญ่ โดยผู้ชายมีหน้าที่ออกทะเลไปหาปลา ส่วนผู้หญิงเป็นแม่บ้าน เมื่อผู้ชายกลับมาจากทะเลก็ได้ปลาทะเลมาเป็นจำนวนมาก จนบางครั้งบริโภคไม่หมดจึงได้คิดวิธีการถนอมอาหารโดยการนำปลามาหมักกับเกลือ ซึ่งจะใช้ปลาทุกชนิดที่บริโภคไม่หมด ต่อมามีการค้นพบว่า การนำปลากะตักมาหมักกับเกลือนั้นจะทำให้ได้บูดูที่มีรสชาติดีกว่าปลาชนิดอื่น

ส่วนคำถามที่ว่า "ทำไมถึงเรียกว่า บูดู" ก็ไม่พบหลักฐานอ้างอิงเช่นกัน แต่จากการสอบถามผู้ผลิตได้คำตอบที่หลากหลาย ดังนี้
1.อาจมาจากคำว่า "บูด" เพราะในการหมักบูดูปลาจะมีลักษณะเน่าเละ คล้ายของบูด ซึ่งต่อมาอาจจะออกเสียงเป็น บูดู
2.อาจมาจากคำว่า "บูบู๊" ซึ่งเป็นอุปกรณ์จับปลาตัวใหญ่ เรียกว่า ปลาฆอ ซึ่งเมื่อนำมาหมักกับเกลือจะได้ปลาหมักที่มีลักษณะคล้ายกับ ปลาร้า ของชาวอีสาน แต่การหมักปลาฆอนั้นจะบริโภคเฉพาะเนื้อปลาเท่านั้น ไม่นำน้ำที่ได้จากการหมักมาบริโภค ซึ่งต่อมาอาจมีวิวัฒนาการเปลี่ยนปลาที่ใช้หมักเป็นปลากะตัก และออกเสียง เป็น บูดู
3.เป็นคำที่มาจากภาษามลายูหรือภาษายาวี แต่ไม่ทราบความหมายที่แน่ชัด ซึ่งมีรายงานการวิจัยของสุภา วัชรสุขุม เรื่อง คำยืมภาษามลายูท้องถิ่นปัตตานี ภาษาไทยถิ่น 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้. รายงานว่า คำว่า บูดูเป็นคำที่ยืมมาจากาษามลายู หรือภาษายาวี ตามเกณฑ์ที่ 1 คือ เป็นคำที่มีใช้อยู่ในปัจจุบัน ในภาษามลายูท้องถิ่นปัตตานี และเป็นคำที่มีใช้ในภาษาไทยทั่วไป หรือไม่ใช่ศัพท์เฉพาะถิ่นของภาษาไทยทั่วไป
4.เป็นคำที่มาจากภาษาอินโดนีเซีย แปลว่า ปลาหมักดอง เนื่องมาจากชาวอินโดนีเซียถูกศัตรูตีเมืองแตก (เมืองยาวอ) ได้แล่นเรือไปมาเรื่อยๆ ระหว่างทางได้จับปลาเล็กๆ หมักดองในไหเก็บไว้กินนานๆ ชาวอินโดนีเซียได้ขึ้นฝั่งที่ตำบลปะเสยะวอ อำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานี ได้นำวิธีการหมักปลาเล็กๆ มาสู่ชุมชนปะเสยะวอ