ในการผลิตบูดูนิยมใช้ปลาที่มีไขมันมาก เช่น ปลากะตัก ซึ่งมีไขมันถึง 13-16 เปอร์เซ็นต์ ไขมันในตัวปลาเป็นชนิดที่ไม่อิ่มตัวสูงโดยเฉพาะกรดไขมันที่มีจำนวนคาร์บอนอะตอม 10, 18, 20 และ 22 อะตอม และพบว่าประมาณ 57 เปอร์เซ็นต์ของกรดไขมันจากปลามีจำนวนคาร์บอนอะตอมเป็นเลขคู่
ไขมันในตัวปลาซึ่งประกอบด้วยไตรกลีเซอไรด์ (triglyceride) เป็นส่วนใหญ่ จะถูกย่อยสลายโดยเอนไซม์ในตัวปลาและจากจุลินทรีย์ให้กรดไขมันที่ระเหยได้และระเหยไม่ได้รวมทั้งคีโตน (ketone) และแอลดีไฮด์ (aldehyde) เนื่องจากเอนไซม์จากจุลินทรีย์ที่ย่อยโปรตีนทำงานได้ดีกว่าเอนไซม์ที่ย่อยไขมันดังนั้นกลิ่น และรสต่างๆ ที่เกิดขึ้นจากการย่อยโปรตีนจะเด่นและมีมากกว่ากลิ่นรสที่เกิดจากการย่อยไขมัน
กรดไขมันน่าจะมีบทบาทสำคัญในการทำให้เกิดกลิ่นและรสชาติของบูดูเพราะปรากฏว่าปลาที่นำมาทำบูดูที่มีคุณภาพนั้นเป็นปลาที่มีไขมันสูง เมื่อเวลาหมักปลานานขึ้นปริมาณด่างและกรดที่ระเหยได้จะเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ และสิ้นสุดเมื่อหมักได้ 9 เดือน หลังจากนั้นปริมาณด่างและกรดที่ระเหยได้จะลดลงอย่างรวดเร็วแสดงว่าการเปลี่ยนแปลงทางชีวเคมีของเนื้อปลาได้สิ้นสุด เมื่อหมักปลาได้ 9 เดือน กรดที่ระเหยได้ที่พบได้แก่ กรดอะซิติก (acetic acid) กรดโพรไพโอนิก (propionic acid) กรดบิวทิริก (n-butyric acid) กรดไอโซวาเลอริก (iso-valeric acid) ส่วนกรดที่ระเหยไม่ได้ ได้แก่ กรดแลคติกเข้าใจว่ากรดนี้ได้จากผลของแบคทีเรีย

ตารางแสดงปริมาณกรดไขมันที่ระเหยได้ในบูดู

กรดไขมัน	ปริมาณ (มิลลิกรัมต่อมิลลิลิตร)
กรดอะซิติก (acetic acid)	2.10
กรดโพรไพโอนิก (propionic acid)	0.12
กรดไอโซบิวทิริก (iso-butyric)	0.00
กรดบิวทิริก (n-butyric acid)	0.23
กรดไอโซวาเลอริก (iso-valeric acid)	0.07

ที่มา : Beddows และคณะ (1979) อ้างโดย นงลักษณ์ เกียรติตันสกุล (2542)

เกี่ยวกับไขมัน

โมเลกุลไขมันประกอบด้วยกลีเซอรอล (glycerol) และกรดไขมัน (fatty acid) จำนวนกรดไขมันในโมเลกุลไขมันอาจจะมีจำนวนเป็นหนึ่ง เรียกว่า มอโนกลีเซอไรด์ (monoglyceride) หรือมีกรดไขมันเป็นสองเรียกว่า ไดกลีเซอไรด์ (diglyceride) และถ้ามีจำนวนกรดไขมันเป็นสามเรียกว่า ไตรกลีเซอไรด์ (triglyceride) ไตรกลีเซอไรด์เป็นไขมันที่พบมากที่สุดในสัตว์และพืช ในการรวมกันของโมเลกุลของกลีเซอไรด์กับแต่ละโมเลกุลของกรดไขมันจะได้น้ำ 1 โมเลกุล

 

 

 

 

อักษร R แทนหมู่ไฮโดรคาร์บอนซึ่งประกอบด้วยอะตอมของคาร์บอนและไฮโดรเจน ซึ่งมีจำนวนแตกต่างกันไปตามชนิดของกรดไขมัน ตัวอย่างเช่น กรดสเตียริก R คือ                 ไขมันซึ่งมีกรดเป็นสเตียริกเป็นองค์ประกอบทั้ง 3 โมเลกุลคือ ไตรสเตียรีน จะมีสูตรโครงสร้าง

 

 

 

 

 

 

 

กรดไขมันมีมากมายหลายชนิด แต่ละชนิดมีจำนวนอะตอมของคาร์บอนและไฮโดรเจนใน R แตกต่างกัน ดังตัวอย่าง

 

 

 

 

 

เมื่อพิจารณาสูตรโครงสร้างของกรดไขมัน 3 ชนิดดังกล่าว จะเห็นว่ากรดไลโนเลอิก และกรดโอเลอิก อะตอมของคาร์บอนยังสามารถรับอะตอมของไฮโดรเจนได้อีก แต่อะตอมของคาร์บอนในกรดปาล์มิติกไม่สามารถรับอะตอมของไฮโดรเจนได้อีก กรดไขมันที่อะตอมของคาร์บอนมีพันธะเดี่ยวไม่สามารถรับอะตอมของไฮโดรเจนได้อีก เรียกว่า กรดไขมันอิ่มตัว ส่วนกรดไขมันที่อะตอมของคาร์บอนบางตัวมีพันธะคู่สามารถรับอะตอมของไฮโดรเจนได้อีก เรียกว่า กรดไขมันไม่อิ่มตัว

นอกจากนี้เรายังอาจจะแบ่งกรดไขมันตามความจำเป็นของร่างกายอีก กรดไขมันที่จำเป็นต่อร่างกาย หมายถึง กรดไขมันที่ร่างกายไม่สามารถสังเคราะห์ขึ้นได้จำเป็นต้องได้รับจากอาหาร เช่น กรดไลโนเลอิกจำเป็นต่อร่างกาย ถ้าขาดกรดนี้ร่างกายจะไม่เจริญเติบโตเท่าที่ควร และมีความสำคัญในด้านช่วยเร่งการเผาผลาญคอเลสเทอรอล กรดไขมันอีกชนิดหนึ่งคือ กรดไขมันที่ไม่จำเป็นต่อร่างกาย หมายถึง กรดไขมันที่ร่างกายสังเคราะห์ได้เอง

     ไขมัน                                                                          การเปลี่ยนแปลงทางชีวเคมีเมื่อปลาตาย

  บัพเฟอร์                                                                      กระบวนการเกิดสี และกลิ่นของบูดู

   กระบวนการออสโมซิส                                                   การเปลี่ยนแปลงทางจุลชีววิทยา

        การเปลี่ยนแปลงทางกายภาพ                                           เอนไซม์

    การนำความรู้ทางวิทยาศาสตร์มาประยุกต์ในการผลิตบูดู       โปรตีน