จากการทดลองหมักบูดู และค้นคว้างานวิจัยหลายเล่มทำให้พอสรุปกระบวนการเปลี่ยนแปลงระหว่างการหมักบูดูตามระยะเวลาในการหมัก ได้ดังนี้

บูดูที่หมักเป็นเวลา 7 วัน และมีความเข้มข้นของเกลือร้อยละ 25-27 จะมีเนื้อปลาที่แข็งและเหนียว เนื่องจากในระยะแรกที่ปลาสัมผัสกับเกลือ ของเหลวที่มีอยู่ในตัวปลาประมาณร้อยละ 80 จะค่อยๆ ซึมออกมาข้างนอกตัวปลา ขณะเดียวกันเกลือจะซึมเข้าไปในตัวปลาทำให้ปลามีลักษณะเหมือนปลาดองน้ำเกลือ ซึ่งเป็นผลมาจากกระบวนการออสโมซิส ทำให้เนื้อปลามีลักษณะหดตัว แข็ง และมีความเค็มจัด สีของปลาซีดลง มีกลิ่นคาวปลามาก น้ำหมักปลาจะมีสีเหลืองปนเทา และมีไขมันปลาสีเหลืองเข้มลอยที่บริเวณผิวน้ำ และมีโปรตีนเพปไทด์ กรดอะมิโน เกลือแร่ รวมทั้งวิตามินบีละลายปนออกมามากในน้ำหมักปลา

บูดูที่หมักเป็นเวลา 15-60 วัน จะมีลักษณะคือ เนื้อปลานิ่มลงแต่ยังเป็นตัวปลาอยู่ ทั้งนี้เนื่องจากเอนไซม์จากปลาและแบคทีเรียร่วมกันย่อยสลายให้เนื้อปลานิ่มลง สีของเนื้อปลาซีดลง กลิ่นคาวปลาลดลง เมื่อกวนน้ำหมักปลาจะขุ่มกว่าน้ำหมักปลาในระยะแรก ไขมันของปลาจะเปลี่ยนจากสีเหลืองเป็นสีน้ำตาล และลอยอยู่บนผิวน้ำมากขึ้น

บูดูที่หมักเป็นเวลา 3-4 เดือน เนื้อปลาเริ่มเปื่อยหลุดออกจากก้างปลากลายเป็นของเหลวข้นสีเทาอมแดง ส่วนน้ำหมักปลาเป็นสีน้ำตาลเป็นผลจากกรดอะมิโนทำปฏิกิริยากับน้ำตาลไรโบส และกลิ่นคาวปลาจะหายไป แต่มีกลิ่นคล้ายน้ำปลาแทน น้ำบูดูดังกล่าวจัดเป็นน้ำบูดูที่สามารถนำไปบริโภคได้

บูดูที่หมักเป็นเวลา 8-12 เดือน จัดเป็นบูดูที่มีคุณภาพดี บูดูที่ได้จะมีกลิ่นหอมกว่าบูดูที่หมักนาน 3-4 เดือน เนื้อปลาจะละเอียดเพิ่มขึ้น น้ำหมักปลาจะมีสีน้ำตาลและใสขึ้น

     ไขมัน                        การเปลี่ยนแปลงทางชีวเคมีเมื่อปลาตาย

  บัพเฟอร์                                         กระบวนการเกิดสี และกลิ่นของบูดู

   กระบวนการออสโมซิส                         การเปลี่ยนแปลงทางจุลชีววิทยา

        การเปลี่ยนแปลงทางกายภาพ                                               เอนไซม์

    การนำความรู้ทางวิทยาศาสตร์มาประยุกต์ในการผลิตบูดู           โปรตีน