ปัจจุบันได้มีการวิจัยเพื่อนำความรู้ทางด้านวิทยาศาสตร์เข้ามาช่วยในกระบวนการหมักบูดูเพื่อช่วยลดระยะเวลาในการหมัก และเพิ่มคุณภาพของบูดู ซึ่งกรรมวิธีที่ใช้มีหลายวิธี ดังนี้
การเพิ่มอุณหภูมิในการหมัก
จากที่กล่าวมาแล้วว่า อุณหภูมิจะมีผลต่อประสิทธิภาพต่อการทำงานของเอนไซม์ และแบคทีเรีย ดังนั้นการควบคุมอุณหภูมิให้เหมาะสมจึงสามารถที่จะช่วยการทำงานของเอนไซม์ได้ดีขึ้น ในรายงานวิจัยของ Hiremath,et al,1985 (อ้างโดย วรรณา ชูฤทธิ์,2541) กล่าวว่า บูดูที่หมักกลางแจ้ง (38-45 องศาเซลเซียส) จะมีคุณภาพดีกว่าบูดูที่หมักในที่ร่ม (28-33 องศาเซลเซียส)
การใช้กรดในกระบวนการหมัก
การใช้กรดย่อยเนื้อปลาเพื่อต้องการที่จะลดระยะเวลาการหมักให้สั้นลงเพราะกรดจะช่วยส่งเสริมให้มีการย่อยโปรตีนในปลามากขึ้น ส่วนใหญ่จะใช้กรดแก่ของกรดเกลือเพื่อปรับความเป็นกรด-เบสของปลาให้อยู่ระหว่าง 2-4 เนื่องจากที่ภาวะความเป็นกรด-เบสนี้ สามารถกระตุ้นการทำงานของเอนไซม์ที่ย่อยโปรตีนที่อยู่ในเนื้อปลา และเพปซิน (pepsin) ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่อยู่ในกระเพาะของปลา ความเข้มข้นของกรดที่เหมาะสมที่สุดในการย่อยสลายเนื้อปลา คือ 20 เปอร์เซนต์ ถ้าความเข้มข้นต่ำกว่านี้แล้วจะทำให้กลิ่นไม่ค่อยดีนัก ซึ่งอาจเนื่องมาจากการย่อยโปรตีนที่ไม่สมบูรณ์ นอกจากกรดจะไปกระตุ้นการทำงานของเอนไซม์ที่ย่อยโปรตีนแล้วยังช่วยคัดเลือกแบคทีเรียที่สามารถทนกรดได้ด้วย โดยเฉพาะพวกแบคทีเรียที่สร้างกรดแลคติก เช่น Pediococcus halophilus ซึ่งมีผลต่อรส และกลิ่นของบูดู
การใช้ด่างในกระบวนการหมัก
เนื่องจากการใช้กรดเพื่อย่อยสลายโปรตีนของปลาอาจทำให้คุณค่าทางอาหารเสียไปบ้าง คือ กรดอะมิโนบางชนิดถูกทำลายไป จึงได้มีการนำด่างมาใช้ย่อยโปรตีนในเนื้อปลาให้เป็นกรดอะมิโนแทน โดยปลาที่ผ่านการย่อยด้วยด่างแล้ว จะถูกนำมาปรับสภาพให้เป็นกลาง หลังจากนั้นหมักทิ้งไว้เพื่อเพิ่มกลิ่นและรส ข้อดีของวิธีนี้คือ กรดอะมิโนทริบโตเฟนจะไม่ถูกทำลาย แต่มีข้อเสียคือ การสลายของโปรตีนในเนื้อปลาไม่สมบูรณ์เท่ากับการใช้กรด
การย่อยเนื้อปลาด้วยเอนไซม์
ในการนำเอนไซม์มาช่วยในกระบวนการหมักบูดูนั้น อาจจะนำเอนไซม์จากแหล่งต่างๆ ดังนี้ จากพืช เช่น ปาเปน (papain) จากยางมะละกอ , โบรมิเลนจากสับปะรด และไฟซิน (ficin) จากผลมะเดื่อ จากสัตว์ เช่น เพปซิน และทริปซิน (tripsin) จากกระเพาะหมู หรืออาจจะนำมาจากจุลินทรีย์และเชื้อรา เป็นต้น แต่จากรายงานการวิจัยพบว่า การนำเอนไซม์มาช่วยย่อยนั้น อาจส่งผลข้างเคียงทางด้านสี รส และกลิ่น เช่นการใช้เอนไซม์ โปรมิเลนจากสับปะรดจะทำให้บูดูที่ได้มีกลิ่นและรสชาติของสับปะรดปะปนอยู่ด้วย
การเติมหัวเชื้อเริ่มต้นในกระบวนการหมักบูดู
จากการศึกษากระบวนการเปลี่ยนแปลงทางด้านจุลชีววิทยาพบว่า แบคทีเรียสกุล Mocrococcus , Staphylococcus , Bacillus และกลุ่มของ coryneform ซึ่งพบเสมอตลอดการหมัก สามารถย่อยสลายโปรตีน และกรดอะมิโนชนิดต่างๆ ได้ดี จึงน่าจะมีส่วนสำคัญที่จะทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงไปเป็นของเหลวของปลา มาลี อมรทิพย์รัตน์ (2522) ได้ทำการทดลองหมักน้ำบูดูโดยเติมเชื้อ Pediococcus halophilus บริสุทธิ์ลงไปตั้งแต่เริ่มหมัก พบว่า น้ำบูดูที่ได้มีกลิ่นหอมมากกว่าน้ำบูดูที่ไม่ได้เติมเชื้อบริสุทธิ์นี้ลงไป
จากการสำรวจผู้ผลิตบูดูในพื้นที่อำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานี พบว่าส่วนใหญ่จะทำการผลิตบูดูโดยวิธีธรรมชาติ โดยมิได้ใช้กระบวนการดังที่กล่าวช่วยในการหมักแต่อย่างใด

     ไขมัน                                                                          การเปลี่ยนแปลงทางชีวเคมีเมื่อปลาตาย

  บัพเฟอร์                                                                      กระบวนการเกิดสี และกลิ่นของบูดู

   กระบวนการออสโมซิส                                                   การเปลี่ยนแปลงทางจุลชีววิทยา

        การเปลี่ยนแปลงทางกายภาพ                                           เอนไซม์

    การนำความรู้ทางวิทยาศาสตร์มาประยุกต์ในการผลิตบูดู       โปรตีน