ประโยน์ของค้างคาวปากย่นที่เห็นได้ชัดคือช่วยกำจัดแมลงต่างๆ
ที่เป็นศัตรูต่อพืชผลทางการเกษตร ฝูงค้างคาวจะออกหากินโฉบเฉี่ยวอยู่เหนือเรือกสวนไร่นาและป่าเขา
กระจายกำลังกันออกหากินทั่วไปในรัศมีประมาณ 60 กิโลเมตร มันจะช่วยกำจัดแมลงนานาชนิด
ในคืนหนึ่งๆ ค้างคาวตัวหนึ่งจะกินแมลงได้เท่ากับน้ำหนักตัวของมัน ฉะนั้นฝูงค้างคาวในถ้ำเขาฆ้องชัยที่มีน้ำหนักตัวโดยเฉลี่ย
25 กรัม จะช่วยกำจัดแมลงรวมแล้วไม่ต่ำกว่าคืนละ 25 ตัน ซึ่งมีผลช่วยเกษตรกรในการกำจัดศัตรูพืชเป็นอย่างมาก
ยิ่งกว่านั้นค้างคาวกินแมลงเหล่านี้เมื่อขับถ่ายออกมายังนำมาใช้เป็นปุ๋ย
(bat guano) ได้อีกด้วย
มูลค้างคาวมีสารชนิดหนึ่งซึ่งเรียกว่าเกลือไนเตรต
(nitrate) เกลือนี้นำไปใช้เป็นปุ๋ยได้ดีเพราะให้ธาตุไนโตรเจนที่จำเป็นต่อการเจริญเติบโตของพืชปริมาณสูงมากคือ
3.36 เปอร์เซนต์ เมื่อเทียบกับมูลเป็ดมีเพียง 0.85 เปอร์เซนต์เท่านั้น