เมื่อทำการเพาะเห็ดฟางแบบโรงเรือนแล้ว เรามักพบปัญหาดังต่อไปนี้

1.  ดอกเห็ดมีขน ดอกเห็ดแตก ดอกเป็นตุ่มคล้ายหนังคางคก แสดงว่าภายในโรงเรือนมีแก๊สมาก อุณหภูมิสูง ต้องแก้ไข โดยการ เปิดประตูโรงเรือนออกทุกด้าน ใช้น้ำฉีดล้างพื้นให้สะอาด ดอกเห็ดจะค่อย ๆ หายเป็นปกติ

2.  ดอกเห็ดบานเร็ว แสดงว่าความชื้นภายในโรงเรือนสูง ห้ามให้น้ำ เปิดประตูระบายอากาศ เพื่อให้แปลงเพาะเห็ดแห้ง

3.  ถ้าดอกเห็ดเน่า ชุ่มน้ำมาก มีสาเหตุมาจากแปลงเพาะเห็ดแฉะมาก ควรปฏิบัติเช่นเดียวกับข้อ 2

4.  หากโรงเรือนมีกลิ่นฉุน-เหม็น ถ้ามีกลิ่นฉุน-เหม็น ดอกเห็ดจะมีขน แตก และมีตุ่มคล้ายหนังคางคก