อย่างไรก็ตาม ถึงแม้ว่าการทำธุรกรรมบนอิเล็กทรอนิกส์จะมีประโยชน์มากมาย แต่การจะปรับเปลี่ยนระบบจากกระดาษไปสู่ระบบอิเล็กทรอนิกส์หรือ ที่เรียกว่าสำนักงานปราศจากกระดาษ (Paperless Office) ก็ไม่ได้ง่ายอย่างที่คิด บางคนกลับมองว่าเป็นภาระและยุ่งยากมากกว่าเดิม ปัญหาหลักไม่ได้อยู่ที่กฎหมายหรือเทคโนโลยี แต่กลับอยู่ที่พฤติกรรมการใช้งานเป็นสำคัญ องค์กรหลายแห่งลงทุนติดตั้งระบบติดต่อสื่อสารภายในองค์กร ไม่ว่าจะเป็นอี-เมล์หรือระบบงานสารบรรณอิเล็กทรอนิกส์ (Workflow) แต่ตัวผู้บริหารกลับไม่เคยใช้คอมพิวเตอร์ มีแต่พนักงานระดับปฏิบัติการเท่านั้นที่ใช้ ดังนั้นเอกสารอิเล็กทรอนิกส์ที่ส่งขึ้นมาจากเจ้าหน้าที่ระดับปฏิบัติการขึ้นไปถึงผู้บริหารจะต้องถูกทำเป็นกระดาษเสียก่อนโดยเลขาฯ เพื่อให้ผู้บริหารลงนาม และหลังจากนั้นเลขาฯ ก็จะพิมพ์คำสั่งดังกล่าวไปบนระบบอิเล็กทรอนิกส์และส่งต่อไปให้พนักงานเพื่อปฏิบัติ และยิ่งถ้าองค์กรนั้นมิได้นำเอาลายมือชื่ออิเล็กทรอนิกส์มาใช้ เพื่อยืนยันว่าคำสั่งดังกล่าวมาจากผู้บริหารท่านนั้นจริงด้วยแล้ว เอกสารฉบับนั้นจะสร้างงานเพิ่มเป็น 2 เท่า คือต้องส่งทางอิเล็กทรอนิกส์ด้วย (เพื่อสะดวกต่อการสืบค้นและเก็บรักษา) และยังต้องส่งเอกสารกระดาษต้นฉบับที่มีลายมือชื่อของผู้บริหารเพื่อยืนยันว่าคำสั่งถูกต้องไปพร้อมกัน

การนำเอาระบบอิเล็กทรอนิกส์มาประยุกต์ใช้กับธุรกรรมเพื่อให้เกิดประสิทธิผลสูงสุดนั้น ทั้งกระบวนการตั้งแต่ต้นทางจนถึงปลายทางควรจะต้องเป็นรูปแบบอิเล็กทรอนิกส์ทั้งหมด โดยเฉพาะเมื่อมีการนำเอาลายมือชื่ออิเล็กทรอนิกส์มาประยุกต์ใช้ด้วยจะสามารถทดแทนระบบกระดาษได้อย่างสมบูรณ์ ยกตัวอย่างเช่น บริษัทแห่งหนึ่งทำเว็บไซต์ B2B ขึ้นมาเพื่อให้ลูกค้าตัวแทนจำหน่ายสามารถสั่งซื้อสินค้าทางออนไลน์ได้ เมื่อลูกค้าส่งคำสั่งซื้อสินค้าเข้ามายังเว็บไซต์ คำสั่งซื้อนั้นอาจจะส่งไปยังฝ่ายขายเพื่อตรวจสอบความถูกต้อง หลังจากฝ่ายขายอนุมัติก็จะส่งต่อไปยังฝ่ายบัญชีเพื่อตรวจสอบวงเงินสินเชื่อและหากอนุมัติก็จะทำการออกใบกำกับภาษีหรือใบเสร็จ และสุดท้ายส่งต่อไปยังฝ่ายสต๊อกเพื่อจัดเตรียมสินค้า หากกระบวนการทั้งหมดกระทำโดยอิเล็กทรอนิกส์ทั้งหมด วงจรการขายก็จะมีความรวดเร็วโดยเจ้าหน้าที่ในแต่ละส่วนสามารถตรวจสอบและลงนามอนุมัติตามขั้นตอนบนหน้าจอคอมพิวเตอร์ได้ทันที โดยการใช้ลายมือชื่ออิเล็กทรอนิกส์ในการยืนยันตัวตน จะเห็นได้ว่าในกระบวนการนี้ไม่จำเป็นต้องมีเอกสารกระดาษใดๆ เป็นหลักฐานในการอนุมัติเลย เริ่มตั้งแต่ลูกค้าสามารถส่งคำสั่งซื้อที่มีลายมือชื่ออิเล็กทรอนิกส์ของตนไปจนถึงเจ้าหน้าที่สต๊อกที่ทำการปล่อยสินค้า

ลายมือชื่ออิเล็กทรอนิกส์คือกระบวนการทางคณิตศาสตร์ที่น่าเชื่อถือในการเข้ารหัสข้อมูล (Encryption) ด้วยรหัสหรือกุญแจ (ไม่ใช่กุญแจทางกายภาพ) ที่เป็นส่วนตัวหรือเจ้าตัวเท่านั้นที่รู้รหัสนี้เพียงผู้เดียว (เรียกว่า Private Key) เพื่อยืนยันว่าผู้ทำการเข้ารหัสข้อมูล (หรือลงลายมือชื่อ) นั้นยินยอมผูกพันตนเองกับเอกสารชิ้นนั้น โดยผู้อื่นสามารถตรวจสอบความถูกต้องของลายมือชื่อได้โดยวิธีการถอดรหัส (Decryption) ด้วยรหัสหรือกุญแจสาธารณะที่เป็นของเจ้าของลายมือชื่อ (เรียกว่า Public Key) โดยกุญแจสาธารณะนั้นสามารถเปิดเผยต่อสาธารณะได้ ทั้งนี้เมื่อเอกสารมีการลงลายมือชื่ออิเล็กทรอนิกส์แล้ว หากเอกสารหรือข้อความถูกเปลี่ยนแปลงแก้ไขในภายหลังก็จะสามารถตรวจพบได้