ท่านกำเนิดในสกุลแก่นแก้ว บิดาชื่อคำด้วง มารดาชิ่อจันทร์ เพียแก่นท้าว เป็นปู่นับถือพุทธศาสนา
เกิดวันพฤหัสบดี เดือนยี่ ปีมะแม ตรงกับวันที่ ๒๐ เดือนมกราคม พ.ศ. ๒๔๑๓
ณ บ้านคำบง ตำบลโขงเจียม อำเภอโขงเจียม จังหวัดอุบลราชธานี
มีพี่น้องร่วมท้องเดียวกัน ๗ คน ท่านเป็นบุตรคนหัวปี
ท่านเป็นคนร่างเล็ก ผิวดำแดง แข็งแรงว่องไว สติปัญญาดีมาแต่กำเนิด ฉลาดเป็นผู้ว่านอนสอนง่าย
ได้เรียนอักษรสมัยในสำนักของอา คือ เรียนอักษรไทยน้อย อักษรไทย อักษรธรรม และอักษรขอมอ่านออกเขียนได้
นับว่าท่านเรียนได้รวดเร็ว เพราะ มีความทรงจำดีและขยันหมั่นเพียร ชอบการเล่าเรียน ชีวิตสมณะ การแสวงหาธรรมและปฏิปทา

เมื่อท่านอายุได้ ๑๕ ปี ได้บรรพชาเป็นสามเณรในสำนักบ้านคำบง ใครเป็นบรรพชาจารย์ไม่ปรากฏ ครั้นบวชแล้วได้ศึกษาหาความรู้ทางพระศาสนา มีสวดมนต์และสูตรต่างๆ ในสำนักบรรพชาจารย์ จดจำได้รวดเร็ว อาจารย์เมตตาปราณีมาก เพราะเอาใจใส่ในการเรียนดี ประพฤติปฏิบัติเรียบร้อย เป็นที่ไว้เนื้อเชื่อใจได้ เมื่อท่านอายุได้ ๑๗ บิดาขอร้องให้ลาสิกขาเพื่อช่วยการงานทางบ้าน ท่านได้ลาสิกขาออกไปช่วยงานบิดามารดาเต็มความสามารถ

ท่านเล่าว่า เมื่อลาสิกขาไปแล้วยังคิดที่จะบวชอีกอยู่เสมอไม่เคยลืมเลย คงเป็นเพราะอุปนิสัยในทางบวชมาแต่ก่อนหนหนึ่ง อีกอย่างหนึ่ง เพราะติดใจในคำสั่งของยายว่า “เจ้าต้องบวชให้ยาย เพราะยายก็ได้เลี้ยงเจ้ายาก” คำสั่งของยายนี้คอยสกิดใจอยู่เสมอ

ครั้นอายุท่านได้ ๒๒ ปี ท่านเล่าว่า มีความยากบวชเป็นกำลัง จึงอำลาบิดามารดาบวช ท่านทั้งสองก็อนุมัติตามประสงค์ ท่านได้ศึกษา ในสำนักท่านอาจารย์เสาร์ กันตสีลเถระ วัดเลียบ เมืองอุบล จังหวัดอุบลราชธานี ได้รับอุปสมบทกรรมเป็นภิกษุภาวะในพระพุทธศาสนา ณ วัดศรีทอง(วัดศรีอุบลรัตนาราม) อำเภอเมือง จังหวัดอุบลราชธานี พระอริยกวี (อ่อน) เป็นพระอุปัชฌายะ มี พระครูสีทา ชยเสโน เป็นพระกรรมวาจาย์ และพระครูประจักษ์อุบลคุณ (สุ่ย) เป็นพระอนุสาวนาจารย์ เมื่อวันที่ ๑๒ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๓๖ พระอุปัชฌายะขนานนามมคธ ให้ว่า ภูทตฺโต เสร็จอุปสมบทกรรมแล้ว ได้กลับมาสำนักศึกษาวิปัสสนาธุระ กับ พระอาจารย์เสาร์ กันตศีลเถระ ณ วัดเลียบต่อไป

เมื่อแรกอุปสมบท ท่านพำนักอยู่วัดเลียบ เมืองอุบลเป็นปกติ ออกไปอาศัยอยู่วัดบูรพาราม เมืองอุบลบ้าง เป็นครั้งคราว ในระหว่างนั้น ได้ศึกษาข้อปฏิบัติเบื้องต้น อันเป็นส่วนแห่งพระวินัย คือ อาจาระ ความประพฤติมารยาท อาจริยวัตร แล้อุปัชฌายวัตร ปฏิบัติได้เรีบยร้อยดี จนเป็นที่ไว้วางใจของพระอุปัชฌาจารย์ และได้ศึกษาข้อปฏิบัติอบรมจิตใจ คือ เดินจงกลม นั่งสมาธิ สมาทานธุดงควัตร ต่างๆ

ในสมัยต่อมา ได้แสวงหาวิเวก บำเพ็ญสมณธรรมในที่ต่างๆ ตามราวป่า ป่าช้า ป่าชัฎ ที่แจ้ง หุบเขาซอกห้วย ธารเขา เงื้อมเขา ท้องถ้ำ เรือนว่าง ทางฝั่งซ้ายแม่น้ำโขงบ้าง ฝั่งขวาแม่น้ำโขงบ้าง แล้วลงไปศึกษากับนักปราชญ์ในกรุงเทพฯ จำพรรษาอยู่ที่วัดปทุมวนาราม หมั่นไปสดับธรรมเทศนา กับ เจ้าพระคุณพระอุบาลี (สิริจันทเถระ จันทร์) ๓ พรรษา แล้วออกแสวงหาวิเวกในถิ่นภาคกลาง คือ ถ้ำสาริกา เขาใหญ่ นครนายก ถ้ำไผ่ขวาง เขาพระงาม แล ถ้ำสิงโตห์ ลพบุรี จนได้รับความรู้แจ่มแจ้ง ในพระธรรมวินัย สิ้นความสงสัย ในสัตถุศาสนา จึงกลับมาภาคอีสาน ทำการอบรมสั่งสอน สมถวิปัสสน าแก้สหธรรมิก และอุบาสกอุบาสิกาต่อไป มีผู้เลื่อมใสพอใจปฏิบัติมากขึ้น โดยลำดับ มีศิษยานุศิษย์แพร่หลาย กระจายทั่วภาคอีสาน

ในกาลต่อมา ได้ลงไปพักจำพรรษาที่วัดปทุมวนาราม กรุงเทพฯ อีก ๑ พรรษา แล้วไปเชียงใหม่กับ เจ้าพระคุณอุบาลีฯ (สิริจันทรเถระ จันทร์) จำพรรษาวัดเจดีย์หลวง ๑ พรรษา แล้วออกไปพักตามที่วิเวกต่างๆ ในเขตภาคเหนือหลายแห่ง เพื่อสงเคราะห์สาธุชนในที่นั้นๆ นานถึง ๑๑ ปี จึงได้กลับมา จังหวัดอุบลราชธานี พักจำพรรษาอยู่ที่ วัดโนนนิเวศน์ เพื่ออนุเคระาห์สาธุชนในที่นั้น ๒ พรรษา แล้วมาอยู่ในเขตจังหวัดสกลนคร จำพรรษาที่ วัดป่าบ้านนามน ตำบลตองขอบ อำเภอเมืองสกลนคร (ปัจจุบันคือ อำเภอโคกศรีสุพรรณ) ๓ พรรษา จำพรรษาที่ วัดหนองผือ ตำบลนาใน อำเภอเมืองพรรณานิคม ๕ พรรษา เพื่อสงเคราะห์สาธุชนในถิ่นนั้น มีผู้สนใจในธรรมปฏิบัติ ได้ติดตามศึกษาอบรมจิตใจมากมาย ศิษยานุศิษย์ของท่าน ได้แพร่กระจายไปทั่วทุกภาคของประเทศไทย ยังเกียรติคุณของท่าน ให้ฟุ้งเฟื่องเลื่องลือไป